增值税专用发票是可以抵扣进项。可以抵扣进项的扣税凭证有：增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票（或者部分实施营改增地区的运输业增值税发票）等。
增值税专用发票抵扣流程如下所示：
以下有两种认证办法可以用作增值税专用发票抵扣：
第一种认证办法：
（1）在取得增值税进项专用发票后，应在360天内进行认证
（2）上传待认证的发票:进入发票认证系统中的发票认证模块,点击网上认证按钮,上传待认证的发票(选中从电子申报软件或者扫描仪系统导出的待认证文件进行上传)
（3）等待认证结果:正常操作完成后,系统会提示文件已经被税务机关受理,等候认证结果
（4）认证结果查询：一般过30分钟之后，进入认证查询模块对发票进行状态的查询，输入查询条件后，系统会显示“查询发票认证结果-认证通过”这个界面，就会显示所上传认证的进项发票。
（5）认证结果下载：确认所有进项发票通过认证后要进入认证结果下载模块，对其认证结果进行下载并保存。下载保存的时候输入所属年月。（单击进入下载按钮，进入认证结果下载界面，点击下载按钮，将认证结果下载并保存到磁盘中）
（6）下载认证结果通知书：下载完认证结果后，单击“认证结果通知书下载”按钮，进入下载界面后，再单击“下载这里”进行下载并保存到磁盘。
（7）认证结果读入：每次认证完了之后，必须下载认证结果，将认证结果导回电子申报软件。操作原因：使电子申报系统和扫描系统能够识别已经认证通过的发票，在下次认证的时候就不会将已经认证过的发票再重复导出来。
备注:如果经过多次在网上认证仍然无法认证的话，应该在认证期限内到主管税局窗口进行认证。目前国税局网站上面暂时还不能直接在网站上面直接认证，只能从代理的机关部门购买认证系统（一年300元服务费，包括上门安装费）
第二种认证办法：
1、在取得增值税进项专用发票后，应在360天内进行认证
2、直接把需要认证的发票拿到税局的机子去进行认证，输入纳税人代码、纳税人密码进行认证，认证完之后打印认证结果清单。
备注：只有通过认证的发票进项税方可以抵扣。
报税流程，现在一般都是在网上申报。但需要把纸质报税资料送到税务局：
① 一般（1～15日）每月初为抄税期，抄税就是将金税卡插到与税控机连接的电脑上，打开开票软件点击抄税就可以了。
② 将进项税和销售发票清单打印出来：进项是从认证已经通过时打印，销售发票清单是从税控机中打印。
③ 根据打印清单填写各种报表，同时要有申报月份的会计报表。
以上是您问题的回答希望对您有所帮助。
法律依据
《营业税改征增值税试点实施办法》第二十五条下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票，下同）上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
（四）从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。第二十六条纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国家税务总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。第二十七条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务。
（四）非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
（五）非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
（六）购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
（七）财政部和国家税务总局规定的其他情形。
