特殊病种住院报销规定如下：
1、申请人携带资料交参保单位所在区医保中心。灵活就业人员直接将资料交本人参保区医保中心。
2、参保人在辖区内定点医疗机构发生就医购药费用，凭社保卡直接进行结算。参保人在非定点医疗机构或市外定点医疗机构发生的医疗费用由参保人自行垫付，在携带规定资料前往当地的社保机构办理报销手续即可。
居民医保门诊特殊病种暂为以下种类：一类：恶性肿瘤 、血液透析、血友病及肝、肾器官移植。二类：精神分裂症和情感性精神障碍、再生障碍性贫血。
城镇居民医保门诊特殊病种的起付标准为500元，具体结算办法：一类门诊特殊病种费用的结算办法类同住院，也就是说享受住院报销比例;二类门诊特殊病种费用在规定的药品和诊疗项目政策范围内报销70%，一个结算年度内最高补助限额为2000元。
患有特殊病种的参保人员可以凭二级以上定点医院开具的《门诊特殊病种申请表》、出院记录、门诊病历和相关的检查报告化验单到社保中心经办窗口予以申请，申请批准以后产生的相关费用可以按照政策予以报销。
住院特保可以报销，大特病住院报销的比例都是一样的，报销多少不限制。只有门诊开药限定金额。
以住三级医院为例，不论是否大特病，城镇职工基本医疗保险可以报销80%左右，城镇居民基本医疗保险可以报销60%左右。新型农村合作医疗（新农合）可以报销70%左右，回乡镇还可以2次报销15%左右。
起付标准：定点社区卫生服务机构慢性病起付标准为200元，定点专科医院中的一的医院起付为200元，在起付标准上门诊慢性病年度最高支付限额以下的医疗费用按比例报销，门诊统筹基金支付50%，患有两种或两种以上门诊慢性病，按照就高不就低原则，确定支付限额。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
