律师分析：
农村合作医疗在医院结账后在规定时间内是可以报销的。
新型农村合作医疗报销流程
一、新型农村合作医疗参保患者须凭本人医疗卡、本人有效身份证（无身份证的凭户口簿），经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时直接刷卡报销。
二、在市外二级及二级以上公立医疗机构医院住院治疗的参保患者，应在出院后三个月内，由参保人或其家属带医药费用原始发票（复印件无效）、住院医药费用汇总明细清单、出院小结及门诊病历、患者身份证、医疗卡、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心一楼14、15号新农合窗口报销医药费用。
三、特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及有关检查、化验报告等相关资料及医疗机构证明书，以及《黄岩区新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经区新农合办审核批准后，其门诊医药费用（不包括支持疗法、辅助治疗或治疗其他疾病的医药费用）可以列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位报销。
四、因意外伤害的住院患者，出院后还需提交由户口所在村（居)签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。报销周期为经区行政服务中心一楼14、15号新农合窗口受理起30个工作日内完成，经新农合业管中心稽查人员调查、审核，属实后予以报销；责任由第三方负责的，不予报销；住院患者自己也承担部分责任的，凭协议书或相关证明到区行政服务中心一楼14、15号新农合窗口报销自己承担部分的医药费用。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第四条 中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第五条 县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。
国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
