司法实践中发票联和抵扣联的主要分别是:发票联是给购货方的,购货方作为记账的凭证,而抵扣联是给购货方,作为抵税的,发票联做到账里,抵扣联中进项税金,认证了之后,购货方能抵税,抵扣联认证了之后,单独订起来。发票联做为记账用,是购物凭证;抵扣联要给退税科提供,被收回去的,用于税款抵扣的。
法律依据:《中华人民共和国发票管理形式实施细则》
第三条
发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查;发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证;记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要,增减除发票联以外的其他联次,并确定其用途。