作废发票丢失有两种处理方法，具体如下：
一、最简单的处理方式，就是去税务厅说明情况(按照实际情况说明)，然后把这张作废发票当做正常发票，补缴税金就可以了。
二、根据发票管理办法相关流程来做，已作废的发票已然作废，遗失无须挂失。
相关规定如下：
(一)丢失、被盗发票报告
纳税人发生丢失、被盗增值税专用发票和普通发票时，应立即到主管税务机关办税大厅发票受理岗报告，领取《发票挂失声明申请审批表》、《〈增值税专用发票遗失声明〉刊出登记表》，《发票挂失声明申请审批表》无法完整记录丢失、被盗增值税专用发票的，填报《丢失、被盗增值税专用发票清单》，填写好后交主管税务机关。
(二)受理、审核
主管税务机关发票受理岗核对表证资料后，开具《税务文书领取通知单》交纳税人，并将有关资料转交有关发票管理岗，分别作如下处理：
1、丢失、被盗增值税专用发票的，责成纳税人将《〈发票遗失声明〉刊出登记表》和“挂失登报费”一并邮寄中国税务报社，在《中国税务报》公开声明作废;
2、丢失、被盗普通发票的，在当地新闻媒介公开声明作废。
(三)验销发票
纳税人公开申明作废后，持刊物原件及以下资料到发票管理岗验销发票。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法》第二十九条 开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
