运输发票税率6%和9%区别如下:1、9%的税率包括交通运输服务,如陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、无运输工具承运业务。和邮政服务如邮政普通服务、邮政特殊服务、其他邮政服务;2、6%的税率包括运输发票涉及到现代服务如物流辅助服务。运输发票的税率一般为9%,如果涉及到服务业,就会出现6%的税率。《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣:(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产;(二)非正常损失的购进货物,以及相关的劳务和交通运输服务;(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、劳务和交通运输服务;(四)国务院规定的其他项目。