党员干部经商违法所得应予以没收。根据法律规定,党员经商办企业,情节较轻的,给予警告或者严重警告处分;情节较重的,给予撤销党内职务或者留党察看处分;情节严重的,给予开除党籍处分。
法律依据
《中国共产党纪律处分条例》第九十四条第一款
违反有关规定从事营利活动,有下列行为之一,情节较轻的,给予警告或者严重警告处分;情节较重的,给予撤销党内职务或者留党察看处分;情节严重的,给予开除党籍处分:
(一)经商办企业的;
(二)拥有非上市公司(企业)的股份或者证券的;
(三)买卖股票或者进行其他证券投资的;
(四)从事有偿中介活动的;
(五)在国(境)外注册公司或者投资入股的;
(六)有其他违反有关规定从事营利活动的。