企业为职工代扣代缴个人所得税有两种情况：一种是职工自己承担个人所得税，企业只负有扣缴义务，另一种是企业既承担税款，又负有扣缴义务。
一、企业作为个人所得税的扣缴义务人，应按规定扣缴该职工应缴纳的个人所得税。代扣个人所得税时，借记“应付工资”科目，贷记“应交税金—代扣代缴个人所得税”科目。
例：某企业为职工张某发放9月份工资3000元。税款(205元)由张某自己承担，企业负责代扣代缴。
借：应付工资3000
贷：现金2795
应交税金-代扣代缴个人所得税205
二、企业为个人代付个人所得税通常有两种情况：
一种是按照合同或者协议，纳税人应纳的个人所得税全部或者部分由企业负担。这种情况通常是双方自愿行为。另一种是因企业未履行扣缴义务，个人所得税由企业赔缴(旧征管法规定，扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，可以由扣缴义务人赔缴。但是从2001年5月1日开始，新征管法规定税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处以罚款)。
由于个人所得税是对取得应税收入的个人征收的一种税，其税款本应由个人负担。企业代纳税人负担的税款属于与企业经营活动无关的支出，应计入“营业外支出”科目。与之相适应，企业代负的个人所得税也不得在企业所得税前扣除，应全额调增应纳税所得额。
仍以上题为例：如果按照协议规定，张某的个人所得税税款由企业负担。
在计算个人所得税时，应将不含税收入换算成含税收入：应纳税所得额=(不含税收入-800-速算扣除数)÷(1-税率)=(3000-800-125)÷(1-15%)=2441.18(元)
应扣缴个人所得税=2441.18×15%-125=241.18(元)
借：营业外支出241.18
贷：应付工资241.18
发放工资：
借：应付工资3241.18
贷：银行存款/现金3000
应交税金-代扣代缴个人所得税241.18
如果对该扣缴义务人应扣未扣个人所得税处以1倍的罚款：
借：营业外支出241.18
贷：银行存款/现金241.18
