法律分析：一、公司注销后，有公司以商标侵权为由起诉注销的公司，怎么办？
涉及商标侵权的公司已经注销：企业注销登记后，法人资格终止，向法院提起诉讼的话，必须有明确的被告，企业注销登记不能以该项企业作为被告进行诉讼。
二、被告公司注销该如何起诉公司被注销后不再具备诉讼主体资格，不能成为民事诉讼的被告。根据关于适用《公司法》若干问题的规定（二）的规定，若公司未经清算已经办理注销登记的，股东未履行清算责任，滥用有限责任逃避债务，债权人能以有限责任公司的股东、股份有限公司的董事等人为被告向被告所在地法院提起诉讼，请求对公司的债务承担连带责任。
三、债权债务不处理影响注销吗
公司自行申请注销的，工商管理部门只是形式上审核公司债权债务关系是否处理完毕，因此在债权债务没有清算完之前可以注销，但是根据最高人民法院《关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》第64条规定，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人;未经依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。因此，在公司注销未经清算的情况下，债权人可以以该公司的股东、发起人或者出资人为被告提起诉讼。
法律依据：《中华人民共和国反不正当竞争法》第六条第二项规定，经营者不得擅自使用他人有一定影响的企业名称（包括简称、字号等）、社会组织名称（包括简称等）、姓名（包括笔名、艺名、译名等），引人误认为是他人商品或者与他人存在特定联系
