保健食品经营许可证办理流程：
保健品属于特殊食品，需要先到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》，然后才能办营业执照，最后办《税务登记证》。
具体手续大致如下：
1、到当地工商部门申请《名称预先核准通知书》，也就是确定店名
2、到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》
3、取得《保健品经营许可证》之后继续在工商部门办理《个体工商户营业执照》
需要的材料是：身份证原件和复印件，店铺的房产证明文件（房产证复印件或者土地证复印件等东西），租赁合同原件和复印件，证件相片一张， 《保健品经营许可证》原件和复印件。
4、取得营业执照30天内到当地的地税、国税部门申请《税务登记证》。根据《中华人民共和国食品安全法》第七十七条 依法应当注册的保健食品，注册时应当提交保健食品的研发报告、产品配方、生产工艺、安全性和保健功能评价、标签、说明书等材料及样品，并提供相关证明文件。国务院食品药品监督管理部门经组织技术审评，对符合安全和功能声称要求的，准予注册；对不符合要求的，不予注册并书面说明理由。对使用保健食品原料目录以外原料的保健食品作出准予注册决定的，应当及时将该原料纳入保健食品原料目录。
依法应当备案的保健食品，备案时应当提交产品配方、生产工艺、标签、说明书以及表明产品安全性和保健功能的材料。
小作坊能申请生产许可证吗？
可以办理的。
企业取得生产许可证必须具备以下基本条件:
1、企业经营范围应当覆盖申请取证产品;
2、产品质量符合现行的国家标准或者行业标准以及企业明示的标准;
3、具有正确、完整的技术文件和工艺要求;
4、具有保证该产品质量的生产设备、工艺装备、计量和检验手段，
5、具有保证正常生产和保证产品质量的专业技术人员、熟练技术工人以及计量、检测人员;
6、具有健全有效的质量管理制度;
7、符合法律、行政法规及国家有关政策规定的相关要求。
根据《工业产品生产许可证管理办法》第十二条申请材料符合实施细则要求的，省级市场监督管理部门应当作出受理决定。 申请材料不符合实施细则要求的，省级市场监督管理部门应当当场或者自收到申请之日起5日内一次性告知企业需要补正的全部内容。逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
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