法律分析：第一，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令第138号)第六条规定：“计算增值额的扣除项目：
(一)取得土地使用权所支付的金额;
(二)开发土地的成本、费用;
(三)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
(四)与转让房地产有关的税金;
(五)财政部规定的其他扣除项目。”
第二，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
(一)取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
(二)开发土地和新建房及配套设施(以下简称房地产开发)的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本(以下简称房地产开发成本)，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
(三)开发土地和新建房及配套设施的费用(以下简称房地产开发费用)，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
(四)旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
(五)与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
(六)根据条例第六条(五)项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和，加计20%的扣除。”
第三，根据《关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》(财税〔2016〕43号)第三条第二款规定：“《中华人民共和国土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。”
第六条规定：“在计征上述税种时，税务机关核定的计税价格或收入不含增值税。
本通知自2016年5月1日起执行。”
第四，根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)规定：“三、关于与转让房地产有关的税金扣除问题
(一)营改增后，计算土地增值税增值额的扣除项目中“与转让房地产有关的税金”不包括增值税。
(二)营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税(以下简称“城建税”)、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。
其他转让房地产行为的城建税、教育费附加扣除比照上述规定执行。”
