公司以不能胜任为由辞退员工，若属于在经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位解除劳动合同是合法的，但是需要支付经济补偿，同时还需要提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月薪资。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条
有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月薪资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规章的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
第四十六条
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（三）用人单位依照本法第四十条规章解除劳动合同的。
因病不能胜任工作被辞退有补偿。若劳动者在规章的医疗期内被用人单位辞退的，属于违法辞退，可以要求单位支付二倍经济补偿的赔偿；若超过医疗期不能胜任，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位需要额外支付一个月薪资或提前三十日通知。
