公立医院是事业单位，但不是机关。公立医院是指政府举办的纳入财政预算管理的医院，也就是国营医院、国家出钱办的医院。机关事业单位，标准的称谓应该是党政机关、事业单位。
公立医院有经营收入，也承担着大量的公益服务职能，因此其经费来源，既有地方财政供养部分，也有营收部分，属于差额供给单位，使用的是差额事业编制。差额事业编制和全额事业编制的性质是一样的，都是正规的事业编制，专供有生产经营收入的事业单位使用。公立医院的差额供给部分，会由地方政府根据营收情况确定，效益好的医院，财政供给的比例就小;效益差的医院，财政供给的比例就大，即使是99%的财政供给，甚至是全额财政供给，也是由于实际营收情况而定，公立医院的差额属性不会发生改变。
公立医院更应该突出其市场主体的角色，公立医院、公立卫生院等非营利性医疗机构可以实现所有权和经营权分开，管办分离，使公立医院享有独立的法人地位和经营自主权，充分享有人权、财权、物权和决策权。政府机构也可借此转变职能，由“办”医院转为“管”医院。
而那些非营利性的公共医疗服务机构或公共性质的服务项目由国家投资建立，履行公共服务职能，可以是国家投资建立的公共医疗服务机构具体实施，也可以是通过委托其他医疗法人机构实施，比如公立医院。
