合并后存续公司应办理变更登记，解散公司应办理注销登记。
一、合并后存续公司办理变更登记，应提交下列文件、证件：
(1)公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》;
(2)《企业(公司)申请登记委托书》;
(3)合并各方签订的合并协议和合并各方股东会同意合并的决议(主要写明由哪些公司合并以及合并的主要内容);
(4)公司在报纸上发布合并公告的凭证;
(5)各自公司作出的债务清偿或债务担保情况的说明;
(6)公司新一届股东会决议(主要写明合并后公司的总股本及其股本构成、公司领导班子有否变化、公司章程修改、其他需变更的事项);
(7)章程修正案(主要列示章程变动情况对照表)或新章程;
(8)验资报告;
(9)新增股东的法人资格证明或自然人的身份证明;
(10)《公司股东(发起人)名录》;
(11)《公司(企业)法定代表人登记表》;
(12)《公司董事会成员、监事会成员、经理情况》;
(13)公司董事、监事、经理的身份证复印件;
(14)合并后需解散公司营业执照复印件、公司营业执照正副本;(15)公司章程复印件加盖公章。
二、合并后解散公司办理注销登记，应提交下列文件、证件：
(1)公司法定代表人签署的《公司注销登记申请书》;
(2)《企业(公司)申请登记委托书》;
(3)合并各方签订的合并协议;
(4)合并存续公司股东会同意合并的决议;
(5)公司股东会同意合并和注销的决议;
(6)公司在报纸上发布合并公告的凭证;
(7)公司作出的债务清偿或债务担保情况的说明;
(8)公司营业执照正副本;
(9)法律、行政法规规定应当提交的其他文件。
法律依据《公司法》。
企业合并如何处理
1、制定合并方案。
2、股东会做出公司合并决议。
3、各方签订合并协议。
4、编制公司资产负债表及财产清单。
5、通知债权人并进行公告。
6、办理注销、变更、设立登记。
《公司登记管理条例》第三十八条，因合并、分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记。因合并、分立而解散的公司，应当申请注销登记。因合并、分立而新设立的公司，应当申请设立登记。
企业合并员工不愿意去合并后的企业怎么办
不愿意去视为变更合同的内容，双方协商不成可解除，单位支付经济补偿金。
根据《劳动合同法》第四十六条规定，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
《劳动合同法》第四十六条
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
法律依据
