电子转诊报销比例只要有住院开转诊证明就能按照正常比例报销，很多地方的三甲医院报销比例55%，如果有转诊证明就按照55%报销，没有的话就按照35%报销。也就是降低百分之二十。
县外医疗，新农合转诊窗口在为患者办理纸质转诊手续的过程中，同时进行网上电子转诊，这种情况报销比例是一样的，另外急诊、重症精神病，不需办理纸质转诊，可通过电话直接实施电子转诊，其报销比例出不会降低。
电子转诊和纸质转诊是不一样的，他们是不能相互替代的。电子转诊属于异地就诊的电子备案，只办理电子转诊不属于正常转诊，报销比例会低于正常转诊20%。报销比例：7000以下30%，7000以上50%。纸质转诊证明，只有开具了纸质转诊证明才属于正常转诊。按照正常的报销比例：7000以下50%，7000以上65-68%。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第六十一条
社会保险费征收机构应当依法按时足额征收社会保险费，并将缴费情况定期告知用人单位和个人。
第六十二条
用人单位未按规定申报应当缴纳的社会保险费数额的，按照该单位上月缴费额的百分之一百一十确定应当缴纳数额；缴费单位补办申报手续后，由社会保险费征收机构按照规定结算。
第六十三条
用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。
