身体条件退兵会处罚武装部，被退新兵不受处罚。思想原因退兵在两年内不得被录取为国家公务员、国有企业职工，不得出国或者升学，并可以处以罚款。有些地方政府还规定了其他条款，记入个人诚信档案，终生不得应聘国企职工和公务员，不得出国、升学、贷款、申请营业执照等。
部队身体退兵手续程序如下：
1、新兵到部队后，安排身体复检；
2、复检不合格者，做出退兵的决定；
3、通知新兵本人，允许新兵提出申诉；
4、新兵对复检结果无异议或者申诉理由不成立，部队会维持退兵决定；
5、部队通知送兵的地方武装部，接回新兵；
6、退兵按照要求，应当在新兵到部队后45天内完成。
身体条件退兵，简称身体退兵。新兵到达部队后，经部队医院进行疫情检查和体格复查后，确认身体不符合条件，不宜在部队股役，作退兵处理的情况为身体条件退兵。
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法律依据：
《中华人民共和国兵役法》
第四十二条 属于身体条件不合格退兵的，须经驻军医院（武警部队须经总队医院或者地、市人民医院）检查证明，经师（旅、武警总队）以上单位的卫生部门审查，报师（旅、武警总队）以上单位的司令机关批准。
第四十三条 部队对退回的新兵，应当做好思想工作，办妥退兵手续，送回原征集的省、治区、直辖市征兵办公室。
第四十四条 省、治区、直辖市征兵办公室对部队按规定退回的不合格新兵应当予以接收，并通知原征集的县、市征兵办公室领回，注销其入伍手续，当地公安机关应当予以落户；原是机关、团体、企业事业单位职工的，原单位应当准予复工、复职，原是高等学校学生的，原学校应当按照有关规定准予复学。
