工商年检网上申报流程主要有以下步骤：
(一)登录
企业通过上述网站进入网上年检平台，选择登录方式。
(二)填写年检报告书
企业登录用户界面后点击“填写年检报告书”按钮。
(三)申报
企业确认填写内容准确完整后点击“提交”按钮。
(四)预审
工商部门在企业申报网上年检后5个工作日内对其申报内容进行预审。
(五)预审结果查询
企业登录网上年检用户界面，查询预审信息。
(六)复核
企业携带经预审的年检报告书和相关年检材料到指定地点办理年检复核。工商部门依法对其申报材料进行审查。
(七)年检付费和年检戳记加盖
企业缴纳工商年检费后，工商部门在企业营业执照正、副本(原件)上加盖年检戳记。
法律依据：
《注册资本登记制度改革方案》
第二条
放松市场主体准入管制，切实优化营商环境：
（二）改革年度检验验照制度。将企业年度检验制度改为企业年度报告公示制度。企业应当按年度在规定的期限内，通过市场主体信用信息公示系统向工商行政管理机关报送年度报告，并向社会公示，任何单位和个人均可查询。企业年度报告的主要内容应包括公司股东（发起人）缴纳出资情况、资产状况等，企业对年度报告的真实性、合法性负责，工商行政管理机关可以对企业年度报告公示内容进行抽查。经检查发现企业年度报告隐瞒真实情况、弄虚作假的，工商行政管理机关依法予以处罚，并将企业法定代表人、负责人等信息通报公安、财政、海关、税务等有关部门。对未按规定期限公示年度报告的企业，工商行政管理机关在市场主体信用信息公示系统上将其载入经营异常名录，提醒其履行年度报告公示义务。企业在三年内履行年度报告公示义务的，可以向工商行政管理机关申请恢复正常记载状态；超过三年未履行的，工商行政管理机关将其永久载入经营异常名录，不得恢复正常记载状态，并列入严重违法企业名单（“黑名单”）。
改革个体工商户验照制度，建立符合个体工商户特点的年度报告制度。
探索实施农民专业合作社年度报告制度。
