醉驾检察院不予起诉也会有案底。根据国家相关法律法规的规章内容可知,醉驾已经涉及到危险驾驶罪,是需要对其追究相关刑事责任的,所以肯定会留案底的。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十七条,犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规章的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微,依照刑法规章不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院决定不起诉的案件,应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的,人民检察院应当提出检察意见,移送有关主管机关处置。