补充养老保险扣除不超过职工工资总额5%。企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
企业为部分员工支付补充养老保险费和补充医疗保险费的，应将全体职工合理的年均工资乘以参保人数之积，作为计算补充养老保险费和补充医疗保险费税前扣除的基数，并按照税收规定的标准税前扣除。
养老保险的基金有哪些模式？
补充养老保险的基金模式可分为：待遇确定型(DB)和缴费确定型(DC)。
一、待遇确定型这种基金模式不实行个人账户，一般个人不缴费，退休时补充养老保险待遇水平根据预定的公式来计算，参加者在参加时就能知道。这种模式能够为职工提供比较稳定的退休收入，对稳定职工队伍、吸引高级人才能发挥较好作用。但是，这种基金模式雇主承担的责任大，管理复杂，费用高，且职工在不同的补充养老保险计划之间转移流动比较困难。
二、缴费确定型这种基金模式要建立个人账户，实行雇主与雇员共同缴费，参加者只知道缴费金额，退休时的给付额要到退休时才能确认，因为缴费计入个人账户，每年根据投资收益情况计息，待遇水平与账户积累额的多少直接联系。它具有透明度高，易于管理的特点，雇主的责任和压力相对较小，职工流动时个人帐户的基金可以随同转移。
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法律依据：
《企业所得税法实施条例》第三十五条第二款
企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。
