被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定:
1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的,则不会有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉,而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的,仍会有本应的案底记载。
《刑事诉讼法》
第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件,应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的,人民检察院应当提出检察意见,移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
第一百七十八条 不起诉的决定,应当公开宣布,并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押,应当立即释放。