法律分析：迟到，属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。
对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。所谓用人单位依法制定的规章制度，是指制度经过全体职工讨论、制定过程中有工会和职工代表参与，且经过公示，内容合法。
劳动报酬是劳动合同必备条款中的重要内容，当需要发生变化时，公司应当与员工协商一致时方可调整。绩效工资是通过一定周期的绩效考核对员工的工作成果及表现进行考评，从而决定和影响分配标准的一种可浮动的工资结构。因此，员工的考核结果不满足公司要求时，公司确实可以扣除绩效工资。但是，考评的依据、考评的过程，以及考核成果的运用必须合法才行。
鉴于劳动争议请求如果涉及降低劳动报酬的，用人单位需要承担举证责任的法律要求，公司对该员工扣发绩效的行为需首先证明员工知晓迟到、早退、旷工等违反出勤规定的行为会导致绩效考核“不合格”；其次、公司须证明“不合格”的情况将如何影响绩效工资的数额员工也知晓，即，迟到什么程度会被扣多少绩效工资；再次，公司是否能够证明员工确实存在迟到、早退等违纪行为。而这些管理依据都会影响员工的切身利益，都需满足《劳动法》第四条所规定的程序要求。上述工作但凡一个环节出现瑕疵，用人单位减少员工劳动报酬的行为都会被认定为违法。
根据《劳动人事争议仲裁办案规则》的规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。因此，这名员工在离职后一年内都可以向公司追索在职期间被违法扣除的工资。
法律依据：《劳动法》第四条所规定的程序要求。上述工作但凡一个环节出现瑕疵，用人单位减少员工劳动报酬的行为都会被认定为违法。
