法律分析：一、办理港澳通行证会查案底吗
1、办理港澳通行证会查阅案底，属于被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的等情形的依法不予批准，但不是所有的案底对办证都会有影响。
2、法律依据：《中华人民共和国出入境管理法》第十二条中国公民有下列情形之一的，不准出境：
(一)未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的;
(二)被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的;
(三)有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的;
(四)因妨害国(边)境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的;
(五)可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的;
(六)法律、行政法规规定不准出境的其他情形。
二、涉外涉港澳台行政诉讼需注意哪些事项
1、原告为外国人或港、澳、台居民亲自来法院递交起诉状的，应出示证明其身份的证件(例如护照，港、澳、台居民通行证等)，并提供复印件。原告委托他人递交起诉状的，应递交经公证、认证的授权委托书和受托人身份证复印件或者其他身份证明材料。
2、当事人从我国领域外寄交起诉书、授权委托书及证据材料的，或者向法院提供的证据材料是在我国领域外形成的，起诉书、授权委托书及证据材料应当经所在国公证机关公证，并经我国驻该国使领馆认证，或者履行我国与该所在国订立的有关条约中规定的证明手续。
3、当事人从港、澳、台地区寄交起诉书、授权委托书及证据材料的，或者向法院提供的证据材料是在港、澳、台地区形成的，应当办理相关公证手续。
4、起诉书、证据材料及授权委托书等是外文的，应同时提交中文译本;如果需要向外国当事人送达材料的，还应同时提供被送达当事人所在国的官方文字译本。
法律依据：《中华人民共和国出入境管理法》第十二条中国公民有下列情形之一的，不准出境：
(一)未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的;
(二)被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的;
(三)有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的;
(四)因妨害国(边)境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的;
(五)可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的;
(六)法律、行政法规规定不准出境的其他情形。
