农业合作社可以开增值税专用发票,但必须是非免税货物。免税货物是不能开具的。
一般纳税人销售货物(包括视同销售货物在内)、应税劳务、根据增值税暂行条例实施细则规定应当征收增值税的非应税劳务(以下简称销售应税项目),必须向购买方开具专用发票。
下列情形不得开具专用发票:商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽(不包括劳保专用部分)、化妆品等消费品不得开具专用发票。销售免税货物不得开具专用发票,法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理,在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明“作废”字样,全联次留存。
但是,税务机关对专用发票的作废条件规定相对严格,必须同时符合以下三个条件:收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月;销售方未抄税并且未记账;购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。