法律分析：一、劳动合同法关于克扣工资的规定
《劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
根据劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
二、用人单位规章制度中扣发工资的效力问题
1、“有效说”
原劳动部发布的劳动部《工资支付暂行规定》第十五条和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》第三条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。但“克扣”不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的等……。因此，用人单位经过民主程序制订的扣发工资的规定，不属于克扣工资的情形。
其次，《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有违反用人单位规章制度情形的，用人单位可以解除劳动合同。若用人单位的规章制度规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以解除与劳动者的劳动合同”应当属于合法有效，解除劳动关系后劳动者将处于失业状态，相比较扣发工资而言其惩罚程度明显较轻。根据举重以明轻原则，用人单位规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以扣发全月工资”也应当合法有效。
再次，从司法审判的社会效果来说，如果认为用人单位规章制度中扣发工资的规定无效，那么势必导致企业选择更为严厉的解除劳动合同规定来加强其经营管理权，此与劳动合同法构建和发展和谐稳定劳动关系的立法目的相悖离。最后，劳动者的工资水平的高低与其所从事工作的临时性、替代性和技术性有密切的联系。用人单位针对某些重要性岗位的工作人员通过劳动合同约定或规章制度规定，劳动者严重违反规章制度将扣发全月工资，此与合同法的违约责任相类似，并不违反公平原则。
2、“无效说”
首先，劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利，劳动者正常提供了劳动，即使在一定期间存在旷工的情形，对于实际提供正常劳动的天数有权获得相应的报酬。其次，公民合法的财产权不受侵犯，是宪法规定的权利。企业扣发劳动者工资实际属于经济惩罚行为。
依照《立法法》和《行政处罚法》的相关规定，经法律规定或有权机关委托授权的相关主体依照法定程序才有行使罚款的职权。用人单位明显不具备经济处罚的主体资格，故其扣发工资的行为明显于法无据。最后，劳动者系以提供产业生产从而获得工资报酬作为主要生活来源的群体。企业扣发工资的行为将导致劳动者生活的窘迫或生计问题，倘若允许用人单位可以通过制定规章制度剥夺劳动者的收入，势必客观造成劳动者生活来源的断绝。
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法律依据：《劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
根据劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
