工资超过5000扣税标准是，超过部分适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率;扣税申报的方式包括有，上门申报、邮寄申报，以及数据电文申报等。
应纳税所得额=工资收入金额-各项社会保险费-起征点(5000元)。应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数。
二、扣税申报的方式有哪几种扣税申报的方式有以下这些:
1.上门申报，纳税人或是扣缴人可以在纳税申报期间内到主管部门的办理大厅进行办理纳税申报工作。
2.邮寄申报，纳税人采取邮寄方式办理纳税申报的，应当使用统一的纳税申报专用信封，并以邮政部门收据作为申报凭据。邮寄申报以寄出的邮戳日期为实际申报日期。
3.数据电文申报，我提醒您，纳税人采取电子方式办理纳税申报的，应当按照税务机关规定的期限和要求保存有关资料，并定期书面报送主管税务机关。
三、个人所得税扣税有档次划分吗个人所得税扣除标准没有档次划分，扣除标准如下:
1.在子女教育方面，纳税人子女从年满3岁开始一直到整个全日制学历教育阶段的支出，按照每孩每月1000元标准扣除。
2.在继续教育方面，纳税人接受学历学位继续教育的，按每月400元的标准扣除，接受技能人员和专业技术人员职业资格继续教育的，在取得证书的当年按3600元的标准扣除。
3.在大病医疗方面，纳税人或其配偶、未成年子女医保目录范围内自付的医药费用超过1.5万元部分，在每年8万元限额内据实扣除。
4.在住房贷款利息方面，纳税人或其配偶发生的首套住房贷款利息支出按每月1000元的标准扣除。
