法律分析：一、个人所得税是按个人实际收到款项时进行纳税吗
《个人所得税法》第八条规定，个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
第九条规定，扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。特定行业的工资、薪金所得应纳的税款，可以实行按年计算、分月预缴的方式计征，具体办法由国务院规定。
《个人所得税法实施条例》第三十五条规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。
第四十条规定，税法第九条第二款所说的特定行业，是指采掘业、远洋运输业、远洋捕捞业以及国务院财政、税务主管部门确定的其他行业。
根据上述规定，个人所得税是按个人实际收到款项时进行纳税，按月计征。目前允许分摊到各月进行计算的情况，应仅为特定行业，或者是如一次性解除劳动合同、一次性奖金等有明确规定的政策。
对于问题所述情况，原则上应按实际发放月份合并计算个人所得税，但是现在各地也有不同规定，如《大连市地方税务局关于明确调整个人所得税若干政策问题的通知》(大地税个[1997]101号)第一条规定，鉴于有的单位因资金短缺，对所属人员月工资(不包括当月应领取的数月奖金，年终加薪、年终分红等)数月集中支付;有的单位按照上级有关部门的规定标准调资，还有的晋职、晋级，其上调工资部分往往一次或分次补发。对确有上述情况的单位，报经主管地方税务机关审核后，可按照纳税人应取得工资收入的所属期间，计算缴纳个人所得税。
《广东省地方税务局关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》(粤地税发[1999]239号)规定，对纳税人领取补发以往月份的工资(含津贴，补贴)，可以把补发的工资分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。其计算公式如下：所属月份补发工资应纳税额={[(所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得)-费用减除额]×适用税率-速算扣除数}-原所属月份已缴纳的个人所得税。
但陕西省未见对此明确规定，建议企业可与当地税务机关进行协商。
二、年金的处理
《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》(国税函[2009]694号)文件规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分(以下简称企业缴费)是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金(不与正常工资、薪金合并)，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
根据上述规定，对于在补发工资时直接从个人应补发工资中扣除的以前年度年金个人缴纳部分，不应从其应纳税所得额中扣除。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第六条应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
