法律分析：一、年底奖金如何扣税
明确规定"2002年出台的双薪制计税方法停止执行"，即年底双薪收入不再单独作为一个月的工资薪金所得计征个人所得税，而是按全年一次性奖金计税规定执行。
根据国家税务总局文件，市地税局近期对年终双薪计税方法进行补充明确，年终"双薪"将按照《转发关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》有关规定执行，即按全年一次性奖金计征个人所得税。据市地税局介绍，对全年一次性奖金的计税办法是先将雇员在当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数，然后再按上述方法确定的适用税率和速算扣除数计算征税。新工资税计算方法及年终奖个税算法(2008/03/01)起新工资税计算方法及年终奖个税算法
2008/03/01开始执行新的个税起征点，也即由原来的1600元提到2000元，个人所缴纳的税相应会有所变动，具体如下：㈠关于工资薪金所得应交个人所得税的具体计算方法如下：
应税所得=取得的收入-免税收入-费用扣除额
应交的个税=应税所得×适用税率-速算扣除数。
其中：
1、免税收入包括有：个人按照规定交纳的社会保险金和住房公积金，等。2、费用扣除额（即平常所说的所谓的“起征点”）自2008年3月1日起，全国统一执行2000元的标准。㈡年终奖个税算法:
年终奖计算分两种情况：
1.如果当月工资薪金所得高于(或等于)扣除标准，年终奖应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率－速算扣除数。
2.如果低于标准，年终奖应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金－雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率－速算扣除数。
例如:李先生12月份工资为4000元，取得一次性年终奖36000元，他应缴税款为：按新计算方法：
以2000元标准计算，36000÷12=3000元，按照3000元查得对应的税率和速算扣除数，分别为15%和125。那么年终奖应缴纳的个税为：36000×15%－125＝5275元。他当月工资应缴纳的个税为(4000-2000)×15%-125＝175元，两项共计5450元。
二、员工当月的工资薪金计算
超过「5000」元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。
不超过3500元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。
但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第2、3条规定了需要纳税的范围以及对应的税率是多少，年终奖的税率适用比例税率，税率为百分之二十。
