律师分析：
首先，两者的参保人群不同，新农合只能是以家庭为单位的农业户口公民投保，而城镇居民必须是城镇户口的公民才有权办理。
第二，报销目录就不同，医疗报销范围，和报销药品范围不同，保障的大病种类也不同。国家和地方政府也正在每年增加可报销病种的范围。
第三，报销比例不同，新农合报销目录内的70%最高，外地就医在以上基础上最高报销45%；城镇居民医保扣除起付线（儿童和老人的不同），按照档次，比例报销，还有三年的比例赔付期，相比下，三年内是新农合核算，三年后是城镇医保核算。
第四，缴费期不同，新农合需要一直持续缴费，而城镇居民医保可以在缴费满25年后享受退休的医疗保障。儿童需要持续缴费，同新农合。
第五，基本上是多缴费就多享受保障，新农合年最高赔付为当地人平均收入的8倍最高。而城镇居民儿童享受12万（青岛地区），成人享受35.3万（2011年标准）的最高报销额度。
第六，免除责任不同，大致上输血，进口药，蛋白类，食物中毒等都不报销。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十七条 参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
