立案标准
根据刑法第368条第2款的规定，行为人故意阻碍武装部队的军事行动，造成严重后果的，应当立案。
本罪是结果犯，行为人故意阻碍武装部队的军事行动，必须"造成严重后果"的，才构成犯罪，予以立案侦查。至于"造成严重后果"的具体标准，刑法没有明确规定。一般来说，包括在战时影响战役和战斗行动的;造成战役、战斗失利的;造成人员伤亡的;造成武器装备严重损坏的;贻谋战机的;造成严重经济损失的等。
认定
罪与非罪的界限
行为人实施阻碍军事行动的方法，可以采用放火、决水、爆炸、投毒，破坏交通工具、破坏交通设施，破坏通讯设备，侵入国防建设领域的计算机信息系统，冲击军事机关，抢夺、抢劫枪支、弹药、爆炸物，杀人、伤害、绑架、非法剥夺人身自由等等，此时又会触犯其他罪名，对之应当以本罪与他罪中的一重罪处罚，而不实行数罪并罚。
本罪以故意阻碍武装部队军事行动，并造成严重后果作为犯罪构成要件。因此，过失阻碍武装部队军事行动不构成犯罪;虽然是故意阻碍武装部队军事行动，但未造成严重后果的，也不构成犯罪。从司法实践看，阻碍武装部队军事行动，往往由少数人煽动、蒙骗一些不明真相的人参与。对那些受蒙骗参与一般活动的人员，也不能按犯罪处理。军事行动
本罪与阻碍军人执行职务罪的界限
两罪在犯罪主体、主观方面相同。其主要区别在于:
(1)犯罪对象不同，前者的犯罪对象是武装部队，后者的犯罪对象是军人，是武装部队中执行某一项任务的少数人。
(2)侵犯的客体不同。前者侵犯的直接客体是武装部队的军事行动，后者侵犯的直接客体是军人依法执行职务的活动。
(3)犯罪的客观方面不同。前者的犯罪手段可以多种多样，但采取什么手段并不是犯罪构成的要件，后者以采用暴力、威胁方法作为犯罪构成要件;前者以造成严重后果作为犯罪构成要件，后者则没有把行为造成的后果作为犯罪构成要件。
阻碍军事行动的行为的性质的认定
以武装叛乱、暴乱方式阻碍军事行动，属于牵连犯，应按照处理牵连犯的原则，从一重处罚，即以武装叛乱、暴乱罪定罪处罚。如果在阻碍军事行动过程中，策动、勾引、收买武装部队人员进行叛乱，则应分别以阻碍军事行动罪和武装叛乱罪定罪处刑，并实行数罪并罚。
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