法律分析：一、三方协议只签了两方有效吗
三方协议只有两方签字未生效，这表明当事人之间合意未达成。
具备下列条件的民事法律行为有效：
1、行为人具有相应的民事行为能力；
2、意思表示真实；
3、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
二、毕业生三方协议怎么填
1、就业协议上用人单位名称一栏，必须完整填写单位全称（与公章一致）。大部分省市要求根据用人单位名称打印报到证，且根据单位全称下发计划到各地市和有关单位。各地市和各有关单位将根据报到证落实毕业生户口、档案关系等。
2、单位地址一栏，必须完整准确的填写省市，并且精确的写出具体地址。因为报到地址、单位所在地址及单位隶属等都要依据此项录入，一旦单位地址一栏有误，会导致单位所在地区不能接收毕业生方案，将会影响毕业生顺利报道。
3、毕业生所填写的档案转移单位地址及邮编必须准确，不得省略。学校将据此录入方案，并转移档案，一旦有误将导致毕业生档案转移过程中投递和接收困难，致使毕业生不能及时顺利的落实各种关系，包括影响到享受单位福利（如三险的的缴纳）等。
4、如实填写毕业生生源地。因为最终没有落实就业单位的毕业生，学校将据此将其方案报送其生源所在省市或者省市以下地区，该栏若有误，会导致毕业生无法在本地落户和落实关系，更无法在其他地区落户和落实关系以及就业。如需改正，必须征得生源地省市同意并报告给教育部批准。
5、关于计划单列市的情况说明。高校毕业生就业这一环节上，我国除了港，澳，台外31个省、自治区、直辖市之外，另有5个计划单列市（大连、青岛、宁波、厦门、深圳）。提醒毕业生注意的是，在这五个地区就业时，须在签订就业协议的同时督促并配合用人单位向当地人事局申请用人指标，在拿到当地人事局的批复后，就业计划方案才能成立。
三、签订三方协议后违约需要承担什么责任
毕业生签订三方协议后违约，除本人应承担违约责任、支付违约金外，往往还会造成其他不良的后果，主要表现在：
1、用人单位花人力、物力财力，参加人才交流会等，做了大量工作，录用人员的后期工作已考虑、安排，一旦违约，一切工作付之东流，全得另起炉灶，造成工作被动。
2、用人单位往往将毕业生违约当成是学校管理不严，影响学校和用人单位长期合作关系，由于对学校怀疑，以后可能不会再到学校挑选毕业生。
3、对其他毕业生有影响。一个单位，你不去，别人可以去，用人单位不录用你，完全可录用别人，录用你，就不能录用其他毕业生，日后违约，当初想去的毕业生也不一定能补缺，造成信息浪费。高校大学生应是讲诚信、讲法制的践行者，因此学校再次强调毕业生在签约过程中要做到慎重选择，认真履约。
法律依据：《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
