补缴个税的原因如下：
1、从两处或者两处以上取得工资或薪酬，预缴税款时重复扣除了5000元的基本减除费用；
2、除工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等收入，各项综合所得的收入累计导致适用综合所得年税率高于预扣率；
3、预扣预缴时扣除了不该扣除的项目，扣除金额超过规定标准，年度合并计税时对扣除额进行了调减而导致个税增加；
4、纳税人或扣缴义务人没有申报收入并预扣预缴税款，需对未申报收入进行补充缴税；
5、计算有误，纳税人本年度缴纳的税款数量大于实际应缴税款数，这时候就需要补缴税款。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
