1.定义不同：
查账征收是企业财务制度健全，能准确核算收入、成本、费用的。
核定征收是企业财务制度不健全，不能准确核算收入、成本、费用的。
2.计算公式不同：
查账征收是企业的应纳税所得额乘以适用税率，减除依照本法关于税收优惠的规章减免和抵免的税额后的余额，为应纳税额。应纳企业所得税=本年累计利润*25%-本年度以前月(季度)已纳所得税。
核定征收均由税务机关根据其主营项目确定适用的应税所得率，应纳所得税额计算公式如下：
应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率
应纳税所得额=应税收入额×应税所得率
或应纳税所得额=成本(费用)支出额÷(1-应税所得率)×应税所得率。
3.填写的表格类型不同：
查账征收一般填《企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)》;核定征收一般填《企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(B类)》。
4.纳税人的核算水平不同：
查账征收的纳税人可以正确核算收入及成本费用等;核定征收纳税人能合理计算和推定收入总额以及成本费用总额或收入总额和成本费用总额均不能查实、合理计算和推定。
5.征收税率不同：
不同的征收方法，所采用的税率时不同的。查账征收是由明确的计算方法的，在一定程度上算是定额征收，而核定征收的税率则时需要根据企业的性质不同来核算税率的。虽然不同行业的核定征收税率大不相同，但一般来说采用核定征收的税款要比查账征收的税款低。
6.计税基础不同：
查账征收是按企业的利润作为基础来计算对应的企业所得税，而核定征收则是按企业取得的收入的比例来计算征收企业所得税。
7.对财务要求不同。查账征收对企业财务要求高，须建立会计账簿。核定征收对财务要求低，没财务人员，不做账也可以。
8.优点不同。查账征收的优点是可通过收入和成本的比率调节，计算确定缴纳的税额，可把握企业发展方向。核定征收的的优点是可根据核定的税额安排资金合理支付时间，利于把精力放在经营中。
9.应税所得不同。查账征收企业应税所得=收入-成本-费用-税金-损失。核定征收下企业应税所得=收入总额*应税所得率或=成本费用支出额/(1-应税所得率)*应税所得率。
