法律分析：一、确认股权所有权的标准是什么
根据诉讼意图进行的分类：
1、善意之诉。这种情况是指原告按照取得股权的意思表示主张股权，而被告则列出种种理由反对。例如公司为榨取原告的资金，表面上作出吸收原告为股东的意思表示，而实际上故意不为原告完善股东手续，不承认原告的股东身份。再如公司债权人起诉出资不足的股东，而股东以种种理由否认自己的股东身份。
2、恶意之诉。是指原告通过诉讼要求法院确认自己或其他人的股东身份，以获取非法利益或者逃避债务。如：挂名股东在发现公司利润丰厚时，而主张股东身份。
根据法律关系进行分类：
1、内部关系的股权确认之诉，内部关系包括：挂名股东与实际股东之间;隐名股东与其他股东之间;在内部关系中确认股权，应当坚持民法上的真实意思主义，探究当事人之间的真实意思，并依据该意思对股权进行判断。
2、外部关系的股权确认之诉。外部关系包括：
第一，因公司的债务引起的公司债权人与股东之间的关系。
第二，因增资扩股引起的新股东与公司之间的关系。相对于公司与旧股东或者与发起人之间的内部关系，新股东是第三人。在外部法律关系中确认股权，应当坚持商法的表示主义，根据工商登记等对外材料确认股权。
根据原告的类型进行分类：
1、股东提出的确认之诉股东提出确权之诉时，适格的被告应当是公司。
理由：
第一，股权使股东和公司之间法律关系的一个内容，股权指向的义务主体使公司。原告之所以提出诉讼要求确权，就是因为在主张股权使得不到公司的认可。
第二，公司不认可原告股权的意思比较复杂。由于公司使法律拟制的人，公司的所有意思都是通过特定主体来完成的，这些特定主体可以使公司的法定代表人，可以使股东会决议，可以使控股股东，可以使董事经理等公司高管。
2、公司提出的确认之诉。公司对股东提出确权之诉通常都是在其他诉讼中附带的提出，作为其他诉讼的前提。对于公司单独对股东提出的股权确认之诉，必须保持警惕，防止当事人恶意利用诉讼达到其他非法目的。因为公司不承认被告的股东资格，公司只需要作出不承认的意思就足以达到目的，根本不需要提出诉讼。如果是承认被告的股东身份，更无需通过诉讼再确认一遍。
3、公司债权人对股东提出的确权之诉。当公司对债权人不能清偿债务时，如果公司的股东没有出资或者出资不足时，则债权人有权对股东提起诉讼，要求股东在出资范围内公司承担清偿连带。当股东滥用有限或者法人资格时，公司债权人有权对股东直索。
二、公司股权确认纠纷如何处理
1、有限公司出资人履行出资义务或者股权受让人受让股权之后，公司未向其签发出资证明书或者未将其记载于公司股东名册的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行签发记载义务。
2、股份有限公司公司成立后，履行出资义务的股东，有权请求公司交付股票;公司不予交付的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行交付义务。
通过证券交易市场购买上市股份有限公司股份而成为股东者，其股东身份可以股票交易记录予以证明，其起诉请求公司交付股票的，人民法院不予支持。
三、公司股权确认如何判断
如何判断确认公司股权的证据和标准公司股权确认纠纷是指公司股东、公司之外的第三人之间对公司的股东资格身份和持股比例产生争议，从而要求人民法院对公司上述争议进行裁判而发生的纠纷。
依照我国《公司法》规定，成立公司应由股东签订协议，足额出资，经工商部门批准登记，才能说在法律上是有效的，因此，在设立公司的过程中会有许多法律文件对公司的股东身份、持股比例进行明确，成为公司股权确认的主要证据，如公司股东发起人协议、公司章程、出资证明书、股东会会议纪要、公司经营过程中形成的决议文件、公司股东名册、工商部门登记文件等，这些都可作为判断是否享有公司股权的证据。
至于司法裁判标准，也从过去只以工商部门登记文件为准的原则过渡到现今的内外有别的原则，也就是说在审查标准上不再一律以工商部门登记中注明的股东作为确认股权归属的标准，而是从形式上的审查到实质上的认定，如果公司的股权确认不牵涉纠纷当事人、公司之外的第三人，法院会对上述证据进行综合判断，再根据案查明的事实作出裁判;如果牵涉第三人，则会从维护社会交易稳定和公平原则出发，以工商登记部门的文件为准作出判决以维护第三人的合理信赖利益。
最后，股份制是公司管理的一种制度，是社会发展的产物，它满足了公司对发展和管理的需要，同时也为公司的内部平衡起到了重要作用，股份制是企业的资本组织形式。
法律依据：《新公司法》第二十八条第二款规定：“股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。”从该款规定来看，股东未出资的，主要应承担补足出资的责任或者向其他股东承担违约责任，对未出资或未足额出资股东的股东身份并未予以否认。既然在涉及股东间内部关系时，出资并不是股权确认的依据，那么此时股权确认的核心依据究竟应是什么呢?笔者认为，公司是股东间合意设立的团体法人，具有高度自治性和人合性，所以在现行法律框架下应尽可能地尊重股东间关于股权安排、股权比例等问题的真实意思表示。对股权确认，亦应着重审查股东会决议等股东间关于股权问题的真实意思表示，或者根据股东实际享有股东权利、参与公司经营管理等事实行为推定出股东间关于股权问题的意思表示。
