不征税收入形成的研发支出和无形资产摊销不允许税前扣除，更不能加计扣除。
一些不征税收入，如符合条件的软件企业收到的即征即退增值税款、核电行业收到的增值税退税款等，一旦改变用途，须并入应纳税所得额征税，且其对应的支出不能税前扣除。
税法明文规定的不征税收入在特殊情况下可转化成应税收入，其对应的支出可以在税前扣除。
不征税收入如何界定?
《企业所得税法》将企业的收入总额界定为以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入?包括不征税收入和征税收入。征税收入又分免税收入和应税收入。
不征税收入包括财政拨款、依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费和政府性基金、以及企业取得且由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。免税收入属于税收优惠政策，构成征税收入但予以免除，包括国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入。
免税收入是征税收入的组成部分，但基于税收优惠政策而免予征税，随着税收优惠政策的调整而调整，不能永久列入不征税范围。
不征税收入是非经营活动或非盈利活动带来的经济利益流入，从所得税的计税原理上讲，应永久不列入征税范围。因此，不征税收入对应的支出不允许在税前扣除，而征税收入对应的支出允许在税前扣除，应该说，这是2008年开始施行的企业所得税法区分不征税收入和免税收入的理论意义所在。
基于此，不征税收入一般不能作为应税收入处理，并要求在财务上单独核算。
不征税收入与亏损无关，不能用于弥补亏损
企业所得税前扣除的支出从性质和根源上必须与征税收入相关，因不征税收入被排除在征税收入之外，与应纳税所得额无关。免税收入是贯彻经济政策给予企业的支持，在计算应纳税所得额时，也从总收入扣除。如果应纳税所得额大于零，按照适用税率征收企业所得税;如果应纳税所得额等于零，企业所得税为零;如果应纳税所得额小于零，就是税法定义的亏损，作为一项税收优惠政策，在5年内可以用税前利润弥补。
《企业所得税法》第十八条规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。该法实施条例第十条规定，企业所得税法所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。
用税前利润弥补亏损，是世界上大多数国家基于企业持续经营假设给予的一项税收优惠政策，有向以前年度结转、向以后年度结转和将两者结合的混合结转3种做法，我国选择向后结转且规定不超过5年。允许弥补的以前年度亏损，必须是在会计利润的基础上按照税法规定进行纳税调整后的应纳税所得额，且该所得额应经过税务机关审核确认，不能自行调整。弥补亏损指用以后实现的所得额弥补，不是用会计利润弥补，在企业所得税申报表上体现为纳税调减。
《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》(国税函﹝2010﹞148号)规定，企业符合规定的不征税收入，在企业所得税年度纳税申报表附表三“纳税调整明细表”中核算，不征税收入作为纳税调减处理，与之相对应，由不征税收入形成的支出(含费用和资产的折旧、摊销)，作纳税调增处理。企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损;当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。
企业的应纳税所得额等于收入总额减去不征税收入减去免税收入减去各项扣除减去允许弥补的以前年度亏损，是一个大于零的数。
通过纳税调整将不征税收入及其形成的支出从应纳税所得额中分离出来，再将免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目从收入总额中剔除，在此基础上，将应税收入与成本、费用、税金、损失和其他支出按照税法口径匹配，计算应纳税所得额，进而计算应纳税额或结转亏损的数额。不征税收入和免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目与企业亏损无关。
无论免税项目所得还是不征税项目所得，都不可以弥补以前年度亏损。应税项目与免税项目(包括不征税项目)不能互相调剂补亏。
既然不征税收入与企业亏损无关，因此，假使存在亏损，不征税收入仍然不能用于弥补亏损。
不征税收入改变用途，其对应支出不能税前扣除
财政部、国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知(财税﹝2012﹞27号)规定，符合条件的软件企业按照《财政部、国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》(财税﹝2011﹞100号)规定取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。《财政部、国家税务总局关于核电行业税收政策有关问题的通知》(财税﹝2008﹞38号)规定，自2008年1月1日起，核力发电企业取得的增值税退税款，专项用于还本付息，不征收企业所得税。
财税﹝2012﹞27号对软件企业取得的即征即退增值税款作为不征税收入，只能用于软件产品开发和扩大再生产，并且单独核算，否则，软件企业取得的退税款，须并入应纳税所得额，计算缴纳企业所得税，对应的支出不能在企业所得税前扣除。
财税﹝2008﹞38号文件对核电行业收到的增值税退税款作为不征税收入，只能用于还本付息，并且单独核算，否则，核电行业收到的增值税退税款，须并入应纳税所得额，计算缴纳企业所得税，对应的支出不能在企业所得税前扣除。
值得注意的是，税法明文规定的不征税收入在特殊情况下可转化成应税收入，其对应的支出可以在税前扣除。
形成的研发支出和无形资产摊销不允许税前扣除
国家税务总局关于印发《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》的通知(国税发﹝2008﹞116号)第七条规定，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额;研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
从该通知附件“研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表”中看，国家税务总局规定将企业收到的专项拨款单独列示，是充分考虑到企业收到资金进入资金池后，无法区分此类资金形成的支出哪些是征税收入形成的，哪些不是征税收入形成的，但为了计算和填表简化，将收到的拨款视同形成了等额的支出，在计算加计扣除时从中扣减。
《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新试点地区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费加计扣除试点政策的通知》(财税﹝2013﹞13号)附件“研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表”中，仍然继承了《企业所得税法》及其实施条例和国税发﹝2008﹞116号文不征税收入形成的支出不能税前扣除的精髓。
另外，企业取得的财政拨款等不征税收入形成的研究开发支出，是国家支持企业创新给予的财力物力支持，是与企业正常生产经营活动无关的支出，不能在企业所得税前扣除，更不能加计扣除。