一、先计算应纳税所得额=总工资-三险一金-免征额
三险一金：为基本养老保险，失业保险，基本医疗保险，住房公积金。
二、个人所得税=应纳税所得额X税率-速扣数。
根据应纳税所得额确定相应的税率和速扣数以总工资5000元为例，三险一金200为例
{5000-200-3500}X0.03-0=39元
以总工资7000元为例，三险一金200为例
{7000-200-3500}X0.1-105=225元{(总工资)-(五险一金)-(免征额)}X税率-速扣数=个人所得税。
以总工资5105元为例，五险一金105为例5105-105-3500}X0.03-0=45元
2011年9月1日起调整后的7级超额累进税率：
全月应纳税所得额税率速算扣除数(元)
全月应纳税额不超过1500元3%
全月应纳税额超过1500元至4500元10%105
全月应纳税额超过4500元至9000元20%555
全月应纳税额超过9000元至35000元25%1005
全月应纳税额超过35000元至55000元30%2755
全月应纳税额超过55000元至80000元35%5505
全月应纳税额超过80000元45%13505工资收入，扣除三险一金，减除3500元费用，适用超额累进税率纳税。
按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应有个人缴纳的社会基本养老保险、失业保险费、医疗保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=(扣除三险一金后月收入-扣除标准)×适用税率-速算扣除数。
《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应纳个人所得税：工资、薪金所得;
第三条个人所得税的税率：工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五(税率表附后)。
第六条应纳税所得额的计算：工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条
按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
