个人所得税房屋贷款扣除选择申报方式如下：
1、扣缴义务人申报。优点是每个月都可以享受个税专项扣除。缺点是单位负责申报，会涉及到个人隐私。
2、综合所得年度自行申报。优点是保护个人隐私。缺点是没有按月享受个税专项扣除，需到第二年才能返还。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第九条
个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。
第十三条
纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。
