纳税人丢失专用发票后，必须按规定程序向当地主管税务机关报告：
1、纳税人应将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数等情况，向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废；
2、填报《发票丢失被盗登记表》，持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回等。
如果已开具专用发票的发票联和抵扣联都丢失了
1、如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的有关证明单作为增值税进项税额的抵扣凭证；
2、如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符后可以和如果丢失前已认证相符的一样用证明单作为增值税进项税额的抵扣凭证。
我们需要注意什么？
需要注意的是，专用发票记账联复印件和有关证明单需要留存以供备查。
此外，告诉大家现在很多手续都可以在网上办理，发票丢失也是一样，可以到当地的办税系统去处理。在办税系统里找到发票遗失损害报告，如实填写发票丢失损毁信息后等待审核即可。
虽然说现在的发票领用和使用程序更为简便了（之前还需要登报发公告证明作废），但最好还是要好好保管发票，不要发生发票丢失的情况，即使是作废发票也要好好地保管起来。
一般来说需要保存5年，千万不要以为发票已经认证了，或者办税完结了就可以随意弃置，最好储存归档电子会计原始凭证，利用发票管理系统来进行信息化管理，防止发票篡改和丢失等风险。
综上所述，将丢失发票的纳税人名称以及份数向指定的报刊媒介刊登公告申明作废；填报《发票丢失被盗登记表》；持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回。
处理作废发票的方法
律师回答
摘要：纳税人丢失专用发票后，需按规定程序向税务机关报告，包括刊登公告声明作废、填报登记表、办理电子发票退回等。如果丢失了发票联和抵扣联，可凭相关证明进行抵扣。注意保存复印件和证明单备查，可在办税系统网上办理手续。发票应妥善保管，不可随意弃置，最好进行信息化管理以防风险。综上所述，处理丢失发票需遵循一系列程序。
延伸阅读
结语：合理处理丢失专用发票的程序是纳税人的责任。纳税人应按规定向主管税务机关报告，并刊登公告声明作废。同时，填报《发票丢失被盗登记表》，并持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回。对于丢失的发票联和抵扣联，购买方可凭相关证明进行抵扣。此外，务必留存专用发票记账联复印件和有关证明单备查。发票丢失的处理可通过网上办税系统进行，但仍需谨慎保管发票，避免损失。发票的保存期限为5年，最好采用电子会计原始凭证储存归档，以防篡改和丢失。总之，丢失发票后的处理程序需严格遵守，以确保纳税人的合法权益。
法律依据
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第四十一条规定：使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，不得丢失。如果经税局未核销作废的发票遗失了，首先要登报说明作废，其次税务机关要对你按没有按照规定保管发票进行适当处罚。
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