1．原因不同。两者都是国家对行政机关及其工作人员在行政管理过程中损害公民、法人或者其他组织合法权益所采取的补救措施，但是，行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为，而行政补偿针对的是合法行为。
2．范围不同。行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。行政赔偿受国家赔偿法的限制，国家并非对所有的行政侵权行为都承担赔偿责任，例如对国防外交等国家行为，一般认为实行国家豁免，国家对给公民、法人或者其他组织其造成的损害不承担赔偿责任。行政补偿的原因行为除了合法性这一限制之外，没有其他的限制。
3．程度不同。行政赔偿对公民、法人或者其他组织合法权益的补救程度不如行政补偿充分。国家赔偿法针对的损害限于人身权和财产权的损害，而行政补偿没有这种限制。而且，对国家赔偿法规定范围之内的行政侵权行为所造成的损害，国家也并非全部赔偿，而是限于最低限度的直接损失。国家赔偿法规定“计算标准”的作用之一为了限制赔偿的数额。行政补偿采取补偿实际损失的原则，行政机关及其工作人员的合法行为给公民、法人或者其他组织的合法权益造成了多大的损害，国家就补偿多少。当然，行政补偿所针对的损害必须是特定的公民、法人或者其他组织所遭受特别的损害，而不是普遍的损害。从损害这一点来看，行政赔偿着眼于赔偿的最高数额，而行政补偿着眼于损害的特定性，没有数额的限制。
4．程序不同。行政补偿可能是在损害发生之前由行政机关与公民协商解决，也可能是在损害发生之后由行政机关与协商解决。行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用调解，但是，公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉的，适用一般的行政诉讼程序；与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序。
5．性质不同。行政赔偿性质上属于行政法律责任，而行政补偿性质上属于具体行政行为。行政赔偿是国家对行政机关及其工作人员违法行使职权的行为而承担的一种法律责任，具有否定和谴责的含义；而行政补偿是国家对行政机关及其工作人员合法行为所造成的损害而采取的补救措施，行政机关达成作出的决定属于具体行政行为。
6．依据不同。行政补偿的法律依据是有关的单行的部门法律法规，而行政赔偿的法律依据是行政诉讼法和国家赔偿法。
