行政机关对于行政诉讼，要准备好关于被诉具体行政行为的答辩状和相关证据，其中包括作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件，供人民法院进行合法性审查。
行政机关如何应对行政诉讼
一是行政机关要撰写好答辩状。答辩状是行政机关向人民法院提交的最重要的诉讼文书；二是行政机关要整理好证据材料。行政诉讼是全面审查，因此，不管行政起诉状提出哪些问题，行政机关都要提供证明具体行政行为合法的所有证据；三是行政机关要按期提交答辩状以及证据材料。
行政机关如何应对公益行政诉讼
一、首先，正确理解和重视。行政机关（尤其是领导）从思想上必须正确认识和对待行政公益诉讼，并引起足够重视。这是法律赋予人民检察院的一项法定的权力和职责，将成为一种“新常态”。从检察院公布的一组数据可以看到，截至2017年6月，各试点地区检察机关在生态环境和资源保护、食品药品安全、国有资产保护、国有土地使用权出让等领域，共办理公益诉讼案件9053件，其中诉前程序案件7903件、提起诉讼案件1150件。诉前程序案件中，行政机关主动纠正违法5162件，相关社会组织提起诉讼35件。起诉案件中，人民法院判决结案437件，全部支持了检察机关的诉讼请求。二、其次，建议行政机关提前给自己做个“体检”。行政机关应当对于自己履职范围内还未完全处理和解决的问题作一个“内检”，审视一下自己履职过程中是否存在不到位、监管不力的情况，尤其是对于影响大、关系到当地民生、涉及面广的事件和行为。了解清楚为什么没有解决，难度和障碍在哪里，有没有化解的办法，行政机关自己应当采取的措施是否完全到位和穷尽等等。这也是化解行政机关自己问题的一个好时机。有准备的、主动的纠错总是好过诉讼时的被动。三、再次，重视并积极落实检察建议。1、如果，行政机关“有幸”接到了检察院的检察建议，千万要重视，并且采取有力措施，积极推进和解决，并且与检察院保持良好的沟通。从前述检察院公布的关于公益诉讼的数据来看，“诉前程序案件7903件、提起诉讼案件1150件。诉前程序案件中，行政机关主动纠正违法5162件。”可见，当行政机关接到检察建议时，还有最后的主动纠错机会，行政机关如果能够积极督促、整改和履职，有很大可能化解危机，不进入后续诉讼程序。2、行政机关特别需要注意的是，不要以为发一发责令停止、责令改正、罚款或其他的处罚文书，就是有效履职了，还应当切实监督行政相对人停止和改正其违法行为，并采取有效措施控制危害后果。在最高院公布的公益诉讼指导案例中，有很多就是由于行政机关仅作形式上的履职而仍然被诉的。同时，行政机关在履职过程中，也要及时与检察院沟通，通报自己履职的措施、进展、过程和结果。
