法律解析：
办理流程
1、在线预申请
登陆北京市公安局网站--出入境办事大厅 ，选择办理出入境业务的种类，填写相关信息，并在线预约现场办理出入境证件的地点和时间，生成预受理号码并可在线打印申请表格。没有打印条件的申请人，可凭预受理号码到预约办证地点，使用自助填表机打印申请表。未使用网上预申请的申请人也可由本人携带上述对应的材料按照出入境业务受理范围到北京市公安局出入境管理总队或分县局受理大厅提出申请，回答询问，现场领取并填写申请表并履行相关手续。
2、拍摄照片
申请人持预受理号码于预约时间到预约的接待大厅照相室现场免费拍摄制作证件专用照片(提示：关于照相的具体要求详见各出入境接待大厅张贴的《出入境证件相片照相指引》)，领取照相条形码。
北京市出入境证件自带数字照片拍摄指南(2014年最新)
3、现场申请、审核
本人持预受理号码、照相条形码、申请表和申请出入境证件上述所需材料，到指定受理窗口递交申请。
工作人员审核申请人填写的申请表格是否规范、根据申请事由不同所提交的材料是否齐全、比对申请人与网上的所有信息是否一致、审核是否符合办理出入境证件标准。
首次申请电子往来港澳通行证的十六周岁(含)以上的申请人需采集指纹(因指纹缺失、损坏原因无法采集指纹除外);
十六周岁以下的未成年人，根据监护人的意见确定是否采集指纹。
对于已经在北京市出入境管理部门成功留存过指纹信息的，例如已办理电子护照的申请人，在办理电子往来港澳通行证时，需现场进行指纹核验。核验不通过的，须重新采集指纹。
申请人领取《受理中国公民出入境证件申请回执单》，核对回执单相关内容确认无误后签名。于递交申请后当日在受理申请的出入境接待大厅交费(如需邮递证件，请持回执单到接待大厅速递柜台办理手续)。
4、 许可发证
接待大厅做出行政许可决定，批准的，制证中心发证。申请人携带身份证明原件和《受理中国公民出入境证件申请回执单》，前往受理申请的出入境接待大厅领取证件。因故不能本人领取的，受托人还须持本人和申请人的身份证明原件，登记后领取。
不予批准的，说明理由并告知申请人享有依法申请行政复议或者提出行政诉讼的权利。
注：
首次申请电子往来港澳通行证(包括同时申请签注)，必须由本人提交申请。
曾在本市申领过或已持有效电子往来港澳通行证的申请人，符合现行规定代办情形的，可由相关组织和个人代为申请电子往来港澳通行证和签注。
【法律依据】：
《公安部关于启用电子往来港澳通行证的公告》
一、新版通行证为参照有关国际标准设计印制的卡式证件，采用多项物理防伪和数字安全技术。
二、新版通行证正面打印持证人个人资料以及证件签发管理信息，背面打印往来港澳签注等信息。签注信息可由证件签发机关重复擦写。新版通行证不再附发贴纸式签注。
三、新版通行证内嵌非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料、指纹及证件、签注签发管理等信息。
四、根据《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，经国务院批准，申领新版通行证应当按规定向公安机关留存指纹信息。已经留存指纹信息并符合内地和港澳地区主管部门规定条件的持证人，可以在出入境时使用自助查验通道办理出入境手续。
五、新版通行证有效期分为5年和10年。申请人年满16周岁的，签发10年有效通行证;未满16周岁的，签发5年有效通行证。
六、新版通行证及签注的收费标准不变。
七、持用新版通行证出入境时，内地边检机关查验后不再加盖出境、入境验讫章，持证人出入境和签注使用情况由芯片和信息系统记录、管理。有需要的持证人可向主管部门查询签注剩余有效次数等信息。
八、新版通行证使用过程中应注意避免弯折、刮擦、水浸以及强光、强磁场或高热环境。
九、新版通行证启用后，仍在有效期内的现行本式往来港澳通行证及贴纸式往来港澳签注可以继续使用。持用现行本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注，也可以申请换发新版通行证。
十、全国公安机关自2014年9月15日起开始受理新版通行证的申请，同时停止受理现行本式往来港澳通行证的申请。广东省公安机关自2014年5月20日起试点签发的新版通行证继续有效。
