个人所得税应纳税所得额，不能扣除的有：
1、税收滞纳金；
2、个人所得税税款；
3、业主的工资薪金支出；
4、在生产经营活动中因管理不善造成的损失。
个税扣除项目包括以下几种：
1、纳税人本人或配偶发生的首套住房贷款利息支出，可按每月1000元标准定额扣除；
2、住房租金根据纳税人承租住房所在城市的不同，按每月800元到1200元定额扣除；
3、纳税人赡养60岁以上父母的，按照每月2000元标准定额扣除；
4、纳税人的子女接受学前教育和学历教育的相关支出，按每个子女每年1.2万元（每月1000元）的标准定额扣除；纳税人接受学历或非学历继续教育支出的，在规定期间可按每年3600元或4800元定额扣除；
5、大病医疗方面，纳税人在一个纳税年度内发生的自负医药费用超过1.5万元部分，可在每年6万元限额内据实扣除。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第十条
有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
