1、无限连带责任。无限连带责任可以说是普通合伙企业最大的缺点，当合伙企业的财产不足以清偿债务时，任何一个合伙人都有义务以其个人全部财产对企业债务承担无限清偿责任。哪怕合伙人已经退伙了，他仍然要对退伙前企业的债务承担无限连带责任。而公司股东只以出资额为限对公司债务负责，所以公司需要交纳高额的税款也是有其道理的。
2、继承困难。普通合伙企业是以合伙人为基础设立的企业，合伙人死亡后，其继承人对合伙企业中的财产份额享有合法继承权，但如果继承人想成为合伙人，则需要按照合伙协议的约定或者经全体合伙人一致同意，方可从继承开始之日起，取得该合伙企业的合伙人资格。否则继承人只能继承合伙企业退还的合伙人财产份额。而公司股权则可直接继承，不需要经过他人的同意。
3、普通合伙企业取得的投资收益和所投资企业用未分配利润、盈余公积转增股本，法人合伙人不能如有限公司股东一样，作为税后收益，免征所得税；同时，合伙企业的经营亏损，法人合伙人不能用合伙企业的亏损抵减其营利、在所得税前扣除。
4、普通合伙企业未明确可以作为重组当事人，享受特殊重组递延纳税优惠。
5、普通合伙企业以非货币资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，不能如居民企业可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。
普通合伙企业的缺点有哪些
律师回答
摘要：普通合伙企业的缺点：1、无限连带责任；2、继承困难；3、投资收益和亏损处理不同于有限公司；4、无法享受特殊重组递延纳税优惠；5、非货币性资产转让所得的税收处理不同于居民企业。
延伸阅读
结语：普通合伙企业存在无限连带责任、继承困难、税收不便等问题。合伙人需承担个人全部财产对企业债务的无限清偿责任，即使已退伙也要对退伙前的债务负责。继承人要成为合伙人需按合伙协议或全体合伙人同意，否则只能继承退还的财产份额。合伙企业无法免征所得税，经营亏损不能抵扣营利，在重组和非货币资产转让方面也不享受特殊优惠。相比之下，公司股东的责任有限，税收便利，继承和重组等方面也更为便利。
法律依据
中华人民共和国民法典：第二十七章 合伙合同 第九百六十九条 合伙人的出资、因合伙事务依法取得的收益和其他财产，属于合伙财产。
合伙合同终止前，合伙人不得请求分割合伙财产。
中华人民共和国民法典：第二十七章 合伙合同 第九百七十六条 合伙人对合伙期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，视为不定期合伙。
合伙期限届满，合伙人继续执行合伙事务，其他合伙人没有提出异议的，原合伙合同继续有效，但是合伙期限为不定期。
合伙人可以随时解除不定期合伙合同，但是应当在合理期限之前通知其他合伙人。
中华人民共和国民法典：第二十七章 合伙合同 第九百七十条 合伙人就合伙事务作出决定的，除合伙合同另有约定外，应当经全体合伙人一致同意。
合伙事务由全体合伙人共同执行。按照合伙合同的约定或者全体合伙人的决定，可以委托一个或者数个合伙人执行合伙事务；其他合伙人不再执行合伙事务，但是有权监督执行情况。
合伙人分别执行合伙事务的，执行事务合伙人可以对其他合伙人执行的事务提出异议；提出异议后，其他合伙人应当暂停该项事务的执行。
合伙合同终止前，合伙人不得请求分割合伙财产。
中华人民共和国民法典：第二十七章 合伙合同 第九百七十六条 合伙人对合伙期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，视为不定期合伙。
合伙期限届满，合伙人继续执行合伙事务，其他合伙人没有提出异议的，原合伙合同继续有效，但是合伙期限为不定期。
合伙人可以随时解除不定期合伙合同，但是应当在合理期限之前通知其他合伙人。
中华人民共和国民法典：第二十七章 合伙合同 第九百七十条 合伙人就合伙事务作出决定的，除合伙合同另有约定外，应当经全体合伙人一致同意。
合伙事务由全体合伙人共同执行。按照合伙合同的约定或者全体合伙人的决定，可以委托一个或者数个合伙人执行合伙事务；其他合伙人不再执行合伙事务，但是有权监督执行情况。
合伙人分别执行合伙事务的，执行事务合伙人可以对其他合伙人执行的事务提出异议；提出异议后，其他合伙人应当暂停该项事务的执行。
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