1、罪与非罪的界限
本罪是一种选择性犯罪，只要行为人实施组织、领导和参与恐怖组织的行为之一，就构成本罪。在司法实践中，对于参与恐怖组织罪，行为人必须明知是恐怖组织，自愿参与，才能构成本罪。也就是说，对于那些不知道真相，被骗参加恐怖组织的人，一旦发现并实际上与他们脱离关系，就不能认定他们构成参加恐怖组织罪。但如果行为人最初因受骗而参加恐怖组织，后来明知恐怖组织的性质后仍未退出，甚至积极开展恐怖活动，则当然构成本罪。
2、本罪与组织、领导和参与黑社会组织罪的界限
组织、领导、参与黑社会组织罪，是指组织、领导、参与以暴力、胁迫或者其他手段组织开展违法犯罪活动，称霸一方，为非作恶、欺压、残害群众，严重破坏经济社会生活秩序的黑社会组织的行为。两罪在客观方面的行为方式非常相近，恐怖组织与黑社会性质组织都是犯罪组织，并且在人员构成、犯罪方式、活动形式等方面也非常相似。但是两者有显著的区别：
（1）类罪名不同。组织、领导和参与恐怖组织罪是危害公共安全的犯罪；组织、领导和参与黑社会组织罪是破坏社会管理秩序的犯罪。
（2）组织、领导和参与的犯罪组织不同。恐怖组织一般政治色彩浓厚，具有一定的政治目的；黑社会组织追求非法经济利益，主要构成对经济社会生活秩序的严重破坏。
关于恐怖活动组织与领导的认定标准
律师回答
摘要：恐怖组织罪和黑社会组织罪在行为方式上相似，但在类罪名和犯罪组织上存在区别。恐怖组织罪是危害公共安全的犯罪，而黑社会组织罪是破坏社会管理秩序的犯罪。恐怖组织追求政治目的，而黑社会组织追求非法经济利益。
延伸阅读
结语：在界定罪与非罪的界限方面，参与恐怖组织罪与组织、领导和参与黑社会组织罪存在一些相似之处，但也有明显的区别。对于参与恐怖组织罪，行为人必须明知是恐怖组织且自愿参与才构成罪行；而对于被骗参加恐怖组织的人，一旦发现并脱离关系，不能认定其构成罪行。相比之下，组织、领导和参与黑社会组织罪是破坏社会管理秩序的犯罪，其犯罪组织主要追求非法经济利益。因此，尽管两者在行为方式上相近，但其类罪名和犯罪组织的性质存在明显差异。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第二百九十四条
【组织、领导、参加黑社会性质组织罪】组织、领导黑社会性质的组织的，处七年以上有期徒刑，并处没收财产;积极参加的，处三年以上七年以下有期徒刑，可以并处罚金或者没收财产;其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，可以并处罚金。【入境发展黑社会组织罪】境外的黑社会组织的人员到中华人民共和国境内发展组织成员的，处三年以上十年以下有期徒刑。【包庇、纵容黑社会性质组织罪】国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的，处五年以下有期徒刑;情节严重的，处五年以上有期徒刑。犯前三款罪又有其他犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚。黑社会性质的组织应当同时具备以下特征：(一)形成较稳定的犯罪组织，人数较多，有明确的组织者、领导者，骨干成员基本固定;(二)有组织地通过违法犯罪活动或者其他手段获取经济利益，具有一定的经济实力，以支持该组织的活动;(三)以暴力、威胁或者其他手段，有组织地多次进行违法犯罪活动，为非作恶，欺压、残害群众;(四)通过实施违法犯罪活动，或者利用国家工作人员的包庇或者纵容，称霸一方，在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响，严重破坏经济、社会生活秩序。
【组织、领导、参加黑社会性质组织罪】组织、领导黑社会性质的组织的，处七年以上有期徒刑，并处没收财产;积极参加的，处三年以上七年以下有期徒刑，可以并处罚金或者没收财产;其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，可以并处罚金。【入境发展黑社会组织罪】境外的黑社会组织的人员到中华人民共和国境内发展组织成员的，处三年以上十年以下有期徒刑。【包庇、纵容黑社会性质组织罪】国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的，处五年以下有期徒刑;情节严重的，处五年以上有期徒刑。犯前三款罪又有其他犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚。黑社会性质的组织应当同时具备以下特征：(一)形成较稳定的犯罪组织，人数较多，有明确的组织者、领导者，骨干成员基本固定;(二)有组织地通过违法犯罪活动或者其他手段获取经济利益，具有一定的经济实力，以支持该组织的活动;(三)以暴力、威胁或者其他手段，有组织地多次进行违法犯罪活动，为非作恶，欺压、残害群众;(四)通过实施违法犯罪活动，或者利用国家工作人员的包庇或者纵容，称霸一方，在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响，严重破坏经济、社会生活秩序。
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