律师分析：
1、下载并安装自然人税收管理系统，然后登录进入系统主界面，点击人员信息采集，页面跳转，点击添加。
2、输入员工的基本信息，包括姓名、身份证号码、出生年月、手机号码、入职日期等，员工信息输入完之后，点击报送，然后再点击获取反馈。
3、返回的系统主界面，点击综合所得申报，页面跳转，点击工资薪金后面的填写。
4、页面跳转，进入个人所得税填写界面，点击添加或导入，录入员工的收入信息。
5、个人所得税收入填写好之后，点击税款计算，这一步只需要点击这个按钮，无需其他的操作。
6、点击税款计算后，再点击申报表报送，页面跳转，点击发送申报。
7、点击发送申报之后，小微企业个人所得税就申报成功了，可以登录进入电子税务局，查看申报的结果，如果显示已申报，就说明税局已经接收到申报信息了，个税申报工作已经完成了。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
