如果是自由还款方式，借款人偿还逾期住房公积金贷款，可通过两种方式进行操作：
(1)借款人在合同约定的还款日偿还逾期个人贷款，可先通过呼叫中心电话委托系统查询到下一还款日至少应偿还的贷款金额(该金额应为逾期贷款本息、罚息及最低还款额之和)，即借款人若按此金额在下一还款日还款，则贷款不再逾期。借款人再通过呼叫中心电话委托系统调整还款额度或到贷款业务部门签定《借款人调整月还款额通知书》确定下一还款日的还款额。
(2)借款人在非合同约定的还款日偿还逾期个人贷款，须持本人身份证原件到贷款业务部门柜台办理相关手续。借款人先向贷款业务部门提出申请，设定一个约定还款日，约定还款日的范围为：借款人到管理部办理还款手续的三天(不含)后至下一个合同约定还款日(不含)之前。但借款人每期只能到柜台办理一次非合同约定还款日逾期个人贷款偿还手续。借款人填写《偿还逾期个人住房担保委托贷款承诺书》(一式两份，个人和贷款业务部门各持一份)。
二、公积金补缴的手续
1、单位填写公积金管理中心统一印制的《公积金补缴书》。
2、单位填写管理中心统一印制的《公积金补缴清册》一式两份，加盖单位印章。
补缴办理
1、单位填制公积金管理中心统一印制的《公积金补缴书》、《公积金补缴清册》及与《公积金补缴书》金额一致的转账支票，到管理部办理补缴手续。对于未在《公积金补缴清册》中列明补缴原因的，还应报补缴说明一份。
2、管理部接柜人员对《公积金补缴书》、《公积金补缴清册》及转账支票进行审核，补缴确认后，接柜人员打印《公积金补缴书》一式两份，盖章后一份退单位经办人，一份留存。
据了解，公积金个贷的具体金额，按照借款人的申请金额和以下规定的限额标准计算：
(1)不得高于按照借款人公积金账户储存余额的倍数所确定的贷款限额。若借款人受缴存余额15倍的限制而贷不足10万元，则计算该条件的余额倍数放宽到20倍，仍贷不足10万元的，按实际计算额度放贷;
(2)不得高于按照房屋总价款的比例确定的贷款限额(现为一手房为80%，二手房为70%);
(3)不得高于按照还款能力确定的贷款限额，其计算公式为：借款人计算住房公积金月缴存额的工资基数×规定比例(现为50%)×12个月×贷款期限;
(4)不得高于最高贷款额度(现为基本住房公积金10万元，补充住房公积金10万元)，最高不超过30万，有共同借款人的，贷款限额按各借款人分别计算后的总和为准。各借款人的贷款期限以第4条规定的最长期限为准。
法律依据：
1.《中华人民共和国民法典》第一千三百六十二条：借款人应当按照借款合同的约定履行还款义务。借款人未按照借款合同的约定履行还款义务，给出借人造成损失的，应当承担损害赔偿责任。
2.《住房公积金管理条例》第二十八条：逾期还款，应当按照未还本金数额加收滞纳金，并按照国务院规定的利率上浮幅度计收罚息。
