依据我国相关法律的规定，对于管辖权不明确的刑事案件，可以由有关人民检察院协商确定管辖，如果协商不成的，由上级检察院指定。
对前款案件的审查起诉指定管辖的，人民检察院应当与相应的人民法院协商一致。对前款第三项案件的审查逮捕指定管辖的，人民检察院应当与相应的公安机关协商一致。
刑事案件管辖权异议的提出
管辖权异议，是指当事人认为受诉法院或受诉法院向其移送案件的法院对案件无管辖权时，而向受诉法院或受移送案件的法院提出的不服管辖的意见或主张。
1、犯罪嫌疑人、被告人
刑事诉讼是国家机关或自诉人对被告人的犯罪行为进行追诉的活动，案件管辖尤其是级别管辖与被告人联系最为密切，对管辖权异议的要求也最为强烈，故犯罪嫌疑人、被告人应当首先享有管辖异议权。
2、被害人及附带民事诉讼原告人
被害人是刑事案件的受害者，虽然对犯罪者的刑事追究由国家进行，但刑事诉讼的结果与被害人能否获得物质赔偿和精神抚慰紧密相关，被害人也是刑事诉讼当事人之一，也有权对刑事诉讼提出管辖权异议。由于附带民事诉讼与刑事诉讼一并审理并从属刑事诉讼，而刑事诉讼的受诉法院是由公诉机关选择的，而刑事诉讼的审理直接决定附带民事诉讼的审理，故如果附带民事诉讼原告人认为受诉法院没有管辖权或管辖不当，可以提出管辖异议。
3、公诉人与自诉人
一般情况下，对于公诉人与自诉人自己选择管辖的法院不应该提起管辖权异议，但如果出现优先管辖、移送管辖、指定管辖等情况，如果认为以上管辖改变存在错误或不适当，公诉人、自诉人还是对受案法院有提起管辖异议的权利。
4、与案件有关系的诉讼参加人
一般情况下，除当事人外，其他诉讼参加人不具有提出管辖权异议的主体地位，但在特殊情况下，有的诉讼参加人也可以提出管辖权异议。如未成年当事人的法定代理人，或已死亡当事人的法定继承人、法定近亲属，或经授权的委托代理人等。此外，辩护人、诉讼代理人原则上没有对管辖权提出异议的权利，但是，如果经过了当事人的授权，也可以代替当事人对管辖权提出异议。
探讨检察院如何解决涉及管辖不明确案件的问题
律师回答
摘要：刑事案件管辖权异议的提出及相关权利
犯罪嫌疑人、被告人、被害人及附带民事诉讼原告人均享有提出刑事案件管辖权异议的权利。公诉人与自诉人在特定情况下也可提起异议。其他诉讼参加人一般不具备此权利，但特殊情况下，如未成年当事人的法定代理人、已故当事人的继承人等也可提出异议。辩护人、诉讼代理人原则上无此权利，但经当事人授权后可代替提出异议。刑事案件管辖权异议关系到案件审理的公正性和合法性。
延伸阅读
结语：根据我国法律规定，对于管辖权不明确的刑事案件，可以由有关人民检察院协商确定管辖，如协商不成，由上级检察院指定。对于审查起诉和逮捕指定管辖的案件，人民检察院应与相应的法院和公安机关协商一致。在管辖权异议方面，犯罪嫌疑人、被告人、被害人及附带民事诉讼原告人、公诉人与自诉人以及与案件有关的诉讼参加人都有权提出异议。尽管一般情况下其他诉讼参加人不具备提出管辖权异议的主体地位，但在特殊情况下也可以提出异议。辩护人和诉讼代理人则需经当事人授权方可代替提出异议。
法律依据
《人民检察院刑事诉讼规则》
第二十条对管辖不明确的案件，可以由有关人民检察院协商确定管辖。
第二十一条几个人民检察院都有权管辖的案件，由最初受理的人民检察院管辖。必要时，可以由主要犯罪地的人民检察院管辖。
第二十二条对于下列案件，上级人民检察院可以指定管辖：
(一)管辖有争议的案件;
(二)需要改变管辖的案件;
(三)需要集中管辖的特定类型的案件;
(四)其他需要指定管辖的案件。
第二十条对管辖不明确的案件，可以由有关人民检察院协商确定管辖。
第二十一条几个人民检察院都有权管辖的案件，由最初受理的人民检察院管辖。必要时，可以由主要犯罪地的人民检察院管辖。
第二十二条对于下列案件，上级人民检察院可以指定管辖：
(一)管辖有争议的案件;
(二)需要改变管辖的案件;
(三)需要集中管辖的特定类型的案件;
(四)其他需要指定管辖的案件。
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