金融机构借款合同纠纷案件需要提交的证据材料有:1、自然人应当提交记载其姓名、性别、年龄等材料;2、法人或者其他组织应当提交法人或者其他组织的营业执照;3、借款合同;4、保证合同或者保函;5、发放借款的证据;6、其他证明案件事实的证据。
【本文关联的相关法律依据】
根据《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十七条,原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼,被告抗辩转账系偿还双方之前借款或其他债务;被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后,原告仍应就借贷关系的成立承担举证证明责任。