法律分析：一、自然人转让股权印花税代扣代缴吗?
印花税没有规定代扣代缴义务人，纳税人都应自行完税。股权转让合同属于产权转移书据，根据《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定：“产权转移书据由立据人贴花。如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花。所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花”。对于股权转让合同，当事股东作为立据人，属于印花税法定纳税义务人，被转让股权的企业不是法定扣缴义务人，但如果被转让股权的企业是股权转移书据的持有人，当事股东未贴或者少贴印花的，持有人应负责补贴印花。
二、股权转让方式有哪些?
1、内部转股：出资股东之间依法相互转让其出资额，属于股东之间的内部行为，可依据公司法的有关规定，变更公司章程、股东名册及出资证明书等即可发生法律效力。一旦股东之间发生权益之争，可以以此作为准据。
2、向第三人转股：股东向股东以外的第三人转让出资时，属于对公司外部的转让行为，除依上述规定变更公司章程、股东名册以及相关文件外，还须向工商行政管理机关变更登记。
三、办理股权转让的手续是怎样的?
1、领取《公司变更登记申请表》(工商局办证大厅窗口领取)
2、变更营业执照(填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理)
3、变更组织机构代码证(填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理)
4、变更税务登记证(拿着税务变更通知单到税务局办理)
5、变更银行信息(拿着银行变更通知单基本户开户银行办理)
综上所述，自然人想退出对公司的投资，可以将股权转让。办理股权转让过程中涉及到契税、所得税和印花税等，其中印花税不能公司代扣代缴，而是股权转让当事人自己办理。可以带上股权转让合同去税务所买印花税票，然后在合同上贴花。
法律依据：《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定：“产权转移书据由立据人贴花。如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花。所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花”
