1、集体土地使用权入股的合法性
《土地管理法》第六十条规定：“农村集体经济组织使用乡(镇)土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或者与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业的，应当持有关批准文件，向县级以上地方人民政府土地行政主管部门提出申请，按照省、自治区、直辖市规定的批准权限，由县级以上人民政府批准。”
2、入股后，集体土地使用权是否由村里所有变为国有控股公司所有?
这个按照公司法的规定，所有权肯定变成公司所有，入股后即成为公司资产的一部分——只是这一部分股权不得转让。
《公司法》第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任;股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
新《公司法》删除了原《公司法》第四条第三款中“公司中的国有资产所有权属于国家”的规定。在公司法理上，国有资产与其他股东投入公司的资产没有本质上的区别。国家以国有资产出资为对价取得股权，与其他股东一样，其出资的国有资产当然要归属于公司。——所以集体土地使用权入股后也一样，性质上都是公司股份，也属于公司资产。
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十条、国务院《关于发展房地产业若干问题的通知》(国发〔1992〕61号)精神及北京市人民政府法制办公室等四部门《关于郊区土地开发利用若干问题的暂行规定》(京政农〔1993〕83号)的有关规定：“乡村集体经济组织可以以集体所有的土地资产作价入股，兴办外商投资企业和内联乡镇企业，但集体土地股份不得转让，并按国家有关政策交纳土地使用费(税)。”
3、土地性质是否变化。
这个肯定不会变化。因为集体土地变成国有土地必须经过征收程序。
《土地管理法》第四十三条 任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地;前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征收的原属于农民集体所有的土地。
第四十四条 建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
