如果双方在离婚协议中没有明确子女抚养权的归属问题,那么婚姻登记机关可以认定双方就子女抚养权问题没有达成一致,因此不会受理该申请。
一、协议离婚孩子抚养权可以单独打吗
有未成年子女的夫妻双方协议离婚时必须处理子女抚养关系的问题，并在离婚协议书中载明，如果双方就该问题无法协商一致，则无法协议离婚，只能通过诉讼离婚来解除婚姻关系，并解决争议中的子女抚养权问题。如果是协议离婚之后，就此前的抚养关系之约定，需要变更，可以单独起诉，此类纠纷属于纯粹的抚养关系纠纷。
二、孩子抚养权没确定能离婚吗
目前，我国存在协议离婚和诉讼离婚这两种离婚方式。孩子抚养权没有确定的，不能离婚。无论是哪一种离婚方式，都需要夫妻双方签订的离婚协议书作为办理离婚的材料。在制作离婚协议书时，双方需要先对孩子的抚养权问题作出确定，否则是无法制作的。如果夫妻无法对孩子的抚养权达成一致意见，那么是无法进行协议离婚的。对抚养权存在争议的，需要向管辖区的法院提交诉讼申请。
离婚后孩子的抚养权是否需要双方亲自办理？
律师回答
摘要：离婚协议中未明确子女抚养权归属问题,婚姻登记机关将不予受理。协议离婚时必须处理子女抚养关系问题,并在离婚协议书中载明。如无法协商一致,只能通过诉讼离婚解决子女抚养权问题。孩子抚养权未确定的夫妻不能离婚,需向法院提交诉讼申请。
延伸阅读
离婚协议孩子抚养权问题怎样协商
离婚协议孩子抚养权问题，可以由双方在离婚的时候协商决定。如果双方是协议离婚，应在离婚协议书上写明关于子女随哪方生活。如果双方就子女抚养问题达成协议，一般法院会尊重其协议，但是双方协议由父方或母方抚养子女对子女正常生活有严重不利的除外。双方协议轮流抚养子女的，应该尊重双方协议。
离婚协议孩子抚养权问题，可以由双方在离婚的时候协商决定。如果双方是协议离婚，应在离婚协议书上写明关于子女随哪方生活。如果双方就子女抚养问题达成协议，一般法院会尊重其协议，但是双方协议由父方或母方抚养子女对子女正常生活有严重不利的除外。双方协议轮流抚养子女的，应该尊重双方协议。
结语：离婚协议中未明确子女抚养权归属问题,婚姻登记机关将不予受理。协议离婚时必须处理子女抚养关系问题,并在离婚协议书中载明。如抚养权问题无法协商一致,只能通过诉讼离婚来解决。
法律依据
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
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